شناسایی، همسانه‌سازی و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن کدکننده پروتئین NIa ویروس موزاییک نواری گندم (WSMV)
Authors
Abstract:
ویروس موزاییک نواری گندم از مهم‌ترین آلودگی‌های گندم محسوب می‌شود که شیوع آن در ایران نیز رو به افزایش است. پروتئین NIa یکی از انواع پروتئین‌های حیاتی موجود در این ویروس است که دارای وظایف مهمی در همانندسازی، تکثیر و هضم پروتئولیتیک پلی پروتئین ویروسی می‌باشد. با توجه به نقش حیاتی پروتئین NIa در آلودگی ویروسی، هدف از مطالعه حاضر جداسازی، تعیین توالی و بررسی دقیق ساختار دوم و سوم این پروتئین بود. همچنین، آمینواسیدهای موجود در جایگاه فعال پروتئین NIa که می‌توانند به‌عنوان هدفی جهت طراحی و توسعه عوامل ضد ویروسی جدید استفاده شوند، مورد بررسی قرار گرفتند. در این مطالعه، توالی ژنی کد کننده پروتئین NIa از ویروس موزاییک نواری گندم (WSMV) ایزوله میمه، جداسازی و پس از همسانه‌سازی در ناقل پروکاریوتی pEST، تعیین توالی شد. توالی نوکلئوتیدی حاصل در پایگاه اطلاعاتی NCBI با شماره دسترسی MK335432 ثبت گردید. بررسی ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی پروتئین NIa نشان داد که این پروتئین دارای 426 آمینواسید، وزن مولکولی 8/48 kD و نقطه ایزوالکتریک برابر با 81/8 می‌باشد. بررسی ساختار دوم پروتئین NIa نشان داد که 29/53% از ساختار آن از لوپ‌های نامنظم تشکیل شده است، که این امر توجیهی برای وجود بی‌نظمی در ساختار این پروتئین بود. نتایج حاصل از بررسی جایگاه فعال پروتئین NIa براساس هم‌ردیفی توالی‌های همولوگ و همچنین ساختار سه‌بعدی پروتئین نشان داد که این جایگاه بسیار حفاظت شده و شامل سه آمینواسید هیستیدین، آسپارتیک اسید و سیستئین بود.
similar resources
ردیابی سرولوژیکی و مولکولی ویروس موزاییک رگه‌ای گندم (WSMV) در مزارع غلات استان گلستان
در سال‌های اخیر، علایم بیماری‌های ویروسی شامل موزاییک مخطط، بدشکل شدن پهنک برگ و لاغری خوشه در سطح وسیعی از مزارع غلات استان گلستان مشاهده شده‌اند. به‌منظور بررسی علل این عوارض، اقدام به ردیابی ویروس موزاییک مخطط گندم (WSMV) در میزبان‌های زراعی از جمله گندم و علف‌های هرز غالب مزارع شامل سوروف (Echinochloa crus-galli)، قیاق (Sorghum halepense)، دم‌روباهی (Setaria glauca)، علف خرچنگی (Digitaria s...
full textبررسی تبارزایی دو جدایه‌ی ایرانی ویروس موزاییک رگه‌ای گندم (Wheat streak mosaic virus) بر اساس ناحیه‌ی کد کننده‌ی پروتئیناز NIa-Pro
چکیده ویروس موزاییک رگه‌ای گندم (WSMV) Wheat streak mosaic virus از ویروس‌های خسارت زای غلات مربوط به خانواده Potyviridae و جنس Tritimovirus است. در این تحقیق، NIa-Pro که یکی از مهم‌ترین پروتئینازهای این ویروس می‌باشد، مورد مطالعه قرار گرفت. بدین منظور 116 نمونه‌ی علائم‌دار گندم از مزارع خراسان شمالی، خراسان جنوبی و آذربایجان غربی جمعآوری و به منظورشناسایی اولیه، کلیه‌ی نمونهها با آزمون الایز...
full textتغییرات نوکلئوتیدی توالی ژن کدکننده پروتئین چند عملکردی X در فرد مبتلا به ویروس هپاتیت B
زمینه و هدف : عفونت مزمن با ویروس هپاتیت B (HBV) یکی از عوامل اصلی در ایجاد سیروز و سرطان سلول کبدی است. بیماری‌زایی ویروس به‌وسیله پروتئین چندعملکردی x (HBx) صورت می‌گیرد. تغییر در توالی ژن کدکننده این پروتئین باعث تنظیم فاکتورهای نسخه‌برداری و بیماری‌زایی می‌شود. این مطالعه به منظور آنالیز ژنتیک تکاملی ژن کدکننده HBx در فرد مبتلا به HBV مزمن انجام شد. روش بررسی : در این مطالعه توصیفی آزمایشگا...
full textکلونینگ ژن کدکننده آنتی‌ژن سطحی ویروس هپاتیت B در اشرشیاکولی
Background & Aim: Hepatitis B virus(HBV) infection is endemic worldwide. It is estimated every year more than 350 million people become infected with HBV(new cases) worldwide. Unfortunately, there are no satisfactory drugs to cure HBV and related diseases and the only way to control it is through vaccination. Measurements of HBV DNA levels are routinely used to identify infectious chronic c...
full textشناسایی ژن سیکلوتید در یکی از گونه های بنفشه در ایران و آنالیز بیوانفورماتیکی توالی ژن و پروتئین آن
سیکلوتیدها خانواده بزرگی از پپتیدهای گیاهی با فعالیت زیستی و ویژگی های ساختاری متمایز هستند، که در خانواده های گیاهیrubiacea، cucurbitaceae و violacea بیان می شوند. غلظت نسبتا بالای سیکلوتید در بافت گیاهی و حضور ایزوفرم های متعدد در یک گیاه به تناسب تفاوت های فصلی و منطقه ای پیشنهاد می کند که سیکلوتیدها در گیاه نقش دفاعی دارند. سیکلوتیدها به دلیل فعالیت های زیستی متعدد از جمله ضد ویروس، ضد قارچ...
15 صفحه اولMy Resources
Journal title
volume 9 issue 27
pages 1- 13
publication date 2019-11-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023